凍干機的控制系統采用液晶屏顯示為人機接口，設備操作簡單方便，運行狀態顯示清楚。凍干機系統能夠顯示樣品溫度、冷阱溫度、真空度等指標。系統采用了多種穩定性制冷措施，控制系統運行穩定可靠。
　　凍干機的控制系統各功能的調出操作：
　　1、控制器上電經過自檢后，液晶屏的上排顯示溫度測量值，該狀態為標準狀態；
　　2、蜂鳴器報警時，可按下任意按鍵消除；
　　3、在標準狀態下，點按制冷鍵，如果控制器處于非制冷狀態下，則進入制冷狀態；若控制器處于制冷狀態下，則停止制冷狀態；
　　4、在標準狀態下，點按溫控鍵，如果控制器在溫控狀態，則停止溫控；如果控制器在停止狀態，則啟動溫控；
　　5、超溫報警，控制器有一個報警，AL為上下偏差報警，當溫度測量值≥(溫度設定值+AL)℃時，關加熱，報警燈亮。當溫度測量值≤(溫度設定值-AL)℃時，關制冷，報警燈亮。AP為值報警，當溫度測量值≥AP℃，蜂鳴器連續鳴叫，關加熱，關制冷輸出，如果一分鐘以后仍未消除報警，那控制器將自動切斷總開關。并且，總開關要重新上電以后才能恢復。
　　6、在標準狀態下，點按設定鍵，則液晶屏的上排顯示LCK，長按設定鍵可進入用戶菜單，長按設定鍵可退出改狀態。